Beim Auszählen der Briefwahl gibt es eine Negativliste. Dort enthalten sind die Stimmen die nicht mehr gezählt werden dürfen. Diese werden vor dem Auszählen aussortiert. Wenn du also im Wahllokal wählen gehst aber eine Briefwahl beantragt hast, wird das gemeldet und du kommst auf die Negativliste und deine Briefwahlstimme wird nicht mehr gewertet. Da auch die Briefwahlstimmen erst nach dem Schließen der Wahllokale ausgezählt werden, wird deine Stimme also nicht doppelt gezählt.

Quelle: Ich war schon öfter beim Auszählen der Briefwahl dabei.